顺治二年（1645年），李率泰继续跟随豫亲王多铎的军队作战。在潼关之战中，清军再次击败了李自成的残余力量。随后，李率泰率领大军南下，攻克了扬州和江宁（今南京）。在这之后，他又分兵平定了苏州、松江等地。在江阴的战役中，面对典史阎应元的顽强抵抗，李率泰采取了智谋策略，最终攻破了江阴城。
顺治三年（1646年），李率泰跟随端重亲王博洛平定了浙江和福建。在此期间，他表现出色，因此被授予二等阿达哈哈番兼拖沙喇哈番的爵位。这一荣誉不仅是对他个人功绩的认可，也是对他忠诚与勇气的表彰。
顺治五年（1648年），郑彩率军进犯福建的漳州、泉州等地。朝廷命令李率泰与靖南将军陈泰共同对付郑彩。在这场战役中，李率泰不仅成功地击败了郑彩，还收复了长乐、连江二县，并斩杀了郑彩任命的总督顾世臣等人。郑彩被迫逃走。此外，李率泰还成功解除了郑军对福州长达十四个月的围困。
顺治六年（1649年），李率泰随军征讨叛将姜镶，攻下了保德，并擒获了姜镶的党羽牛化麟等人。因为这次胜利，李率泰再次获得加封拖沙喇哈番的荣誉。同年，清朝对官制进行了改革，将参政改称为侍郎，李率泰继续担任刑部侍郎兼梅勒额真。
顺治八年（1651年），李率泰被调任吏部侍郎，并官拜弘文院大学士。在这一职位上，他积极上奏，提出了惩治贪官酷吏、保障满洲八旗兵马草料供应及合理安排公共工程等一系列建议。顺治帝采纳了他的建议，但不久之后，李率泰与大学士陈泰一同获罪，顺治帝最终赦免了他们，并将李率泰的职位降至拜他喇布勒哈番。
顺治十年（1653年），李率泰被大学士洪承畴推荐为两广总督。此时，南明政权的永历帝朱由榔驻扎在安隆，其部将李定国在广西拥兵数万。面对这样的挑战，李率泰在顺治十一年（1654年）派遣部队进剿，并在玉版巢战役中斩杀了当地的土寇廖笃增。
顺治十二年（1655年），李定国率军进犯广东。李率泰迅速组织防御，并在与李定国的部将高文贵的交战中取得了胜利。恰逢靖南将军珠玛喇率领的大军抵达，两军合力击败了李定国，收复了高、雷二郡。这场胜利进一步巩固了清朝在南方的统治地位。