《万里行舟》下部的故事以几个大事件展开，更聚焦于主角岑远舟的成长线。
包括主角岑远舟进入官场后，在变法浪潮中如何站队；如何从翰林院庶吉士慢慢转向大理寺，进一步探索法理人情的边界，其中穿插了几个悬疑大案，高潮迭起，让人欲罢不能。
以及他在文官，武官，宦官，几大势力中斡旋，一步步接近权力中心，逐渐组成自己的势力，甚至与昔日同窗反目成仇。
从刚直不阿变得长袖善舞，从二十岁到五十岁的这三十年间，岑远舟历经风云变革，最终官至首辅。
人物是创作者的内心投射，在顾秋白笔下，岑远舟是个理想青年，在他看遍了人情冷暖，经历了无数明枪暗箭后，仍有心怀天下苍生之心。
在官场沉浮中，他变得内敛沉稳，却始终保持着一颗坚韧，一往无前的心。
这样的主角才值得那么多人追随，或许，在数年之后，再想起《万里行舟》的读者们，还能回忆起当时的感受，为画中人物而喜，为画中人物而悲。
而副线的篇幅不长，也浓墨重彩。
结束了美好的国子监生涯，岑远舟的昔日同窗们都在探寻自己的未来之路，官场，沙场，亦或是身为女性，该在这个时代生存的挣扎，痛苦，毁灭与重生。
几人的故事有时并行又有时相交。
那个一看书就头痛的将军之子，在战功赫赫的父亲意外战死后，一人杀入敌军妄图报仇，却被敌军虏获，是初九抗住压力，只身前往敌营，救下了他。
与此同时，岑远舟正在千里之外的长安，处理军饷贪污案...