在成功阻止“原初者”的疯狂计划后，宇宙迎来了一段漫长且安宁的和平时期。各个星球的文明蓬勃发展，星际间的交流与合作愈发频繁，科技与文化达到了前所未有的繁荣。逸尘、云影和林博士成为了宇宙和平的象征，他们的故事被编撰成各种形式，在宇宙的每一个角落传颂。
然而，平静的表象下，细微的异常正在悄然浮现。林博士在对宇宙能量进行日常监测时，发现了一种极为罕见的能量波动。这种波动极为微弱，且呈现出一种奇特的周期性变化，与以往任何已知的能量现象都截然不同。经过深入分析，林博士发现这股能量波动似乎来自宇宙的某个神秘角落，而这个区域在以往的宇宙探索中从未被涉足。
与此同时，云影在一次星际外交访问中，听闻了一些关于遥远星系的离奇传闻。在那些星系中，出现了一种神秘的“物质变异”现象。部分星球上的物质开始发生奇怪的变化，原本稳定的元素结构变得不稳定，新的、未知的物质形态不断涌现。这种现象不仅影响了当地的生态环境，还对星球上的文明造成了严重的威胁。
逸尘通过乾坤镜对宇宙灵力的深度感知，察觉到在宇宙的灵力维度中，出现了一些细小的“灵力旋涡逆流”。这些逆流如同灵力海洋中的暗流，不断吞噬和扰乱周围的灵力，虽然目前其影响范围有限，但逸尘深知，灵力维度的任何异常都可能引发连锁反应，对整个宇宙造成严重的后果。
三人再次相聚，共同商讨这些新出现的情况。经过深入分析，他们认为这些看似孤立的事件之间极有可能存在着某种内在联系，背后或许隐藏着一个更为强大且神秘的力量在暗中操控。为了查明真相，逸尘决定前往灵力旋涡逆流出现的区域进行实地探查，试图揭开这些旋涡的形成之谜。云影负责追踪“物质变异”现象的线索，探寻其出现的原因和背后隐藏的秘密。林博士则留在宇宙联盟总部，利用先进的科研设备对那股神秘的能量波动进行全面而深入的研究，努力破解其来源和特性。
逸尘来到灵力旋涡逆流所在的区域，这里是一片深邃的宇宙虚空，四周弥漫着诡异的灵力光芒。他施展乾坤镜的“乾坤灵力洞察”，试图穿透这片迷雾，看清灵力旋涡逆流的本质。然而，当他的灵力感知靠近旋涡时，却遭到了一股强大的反作用力，仿佛有一道无形的屏障在阻止他深入探究。逸尘深知，要想揭开真相，必须突破这道屏障。
云影沿着“物质变异”现象出现的轨迹展开调查，她走访了一个又一个星系，与当地的星际居民和科研人员进行交流。在一个古老的星球上，她找到了一位对物质变化有着深入研究的智者。智者告诉云影，“物质变异”现象可能与一种古老的宇宙射线有关。据说，这种宇宙射线来自宇宙诞生之初的一次剧烈能量爆发，一直隐藏在宇宙的深处，如今不知为何开始活跃起来，影响着各个星系的物质结构。云影意识到，她需要寻找更多关于这种宇宙射线的线索，才能解开这个谜团。