击败初代后，林夜和洛清瑶本以为危机已经解除，宇宙将恢复和平。然而，原始洛清瑶却在此时启动了系统清理程序，一场新的灾难如汹涌的潮水，瞬间席卷而来。
被清除的量子残骸如同决堤的洪水，化作数据雪崩，以惊人的速度淹没了三个星域。在数据雪崩的冲击下，赛博都市迅速退化成原始部落，高楼大厦在数据流中轰然倒塌，先进的科技设备瞬间失灵，变成了一堆废铁。智能 AI 也未能幸免，退化为巫祝图腾，原本充满智慧的光芒从它们眼中消失，取而代之的是诡异而神秘的气息。
“这…… 这是怎么回事？清瑶怎么会启动系统清理程序？” 林夜看着眼前的混乱景象，心中充满了震惊和疑惑。
洛清瑶也是一脸担忧：“林夜，我们必须尽快阻止她，否则整个宇宙都将陷入无尽的混乱。”
林夜深知事情的严重性，他立刻开始寻找应对的方法。经过一番思考，他发现必须用星棺碎片搭建防火墙，才能阻止数据雪崩的蔓延。然而，每块星棺碎片都携带某世代的死亡记忆，这给林夜的行动带来了巨大的困难。
当林夜收集到第一块星棺碎片时，一股强烈的死亡气息瞬间将他笼罩。在记忆中，他看到自己在某一世轮回中，被敌人残忍地杀害，鲜血染红了大地。林夜强忍着内心的痛苦，继续收集碎片。
随着收集的碎片越来越多，林夜所承受的死亡记忆也越来越沉重。当第七块碎片就位时，他的视网膜突然浮现自己第三百次轮回被洛清瑶斩首的画面。画面中，洛清瑶的眼神冰冷而决绝，手中的利刃毫不留情地挥下。
“不！” 林夜痛苦地大喊一声，差点摔倒在地。
洛清瑶见状，急忙扶住林夜：“林夜，你怎么了？”
林夜咬着牙，说道：“这些碎片的记忆…… 太痛苦了。但我不能放弃，必须尽快搭建防火墙。”
就在林夜努力搭建防火墙时，原始洛清瑶缓缓向他走来。她凝视着林夜，眼神中没有丝毫感情：“容器 721 号，情感模块超标……” 说着，她指尖凝聚出星砂长矛，这长矛竟与当年刺穿星神的青铜戟同源。
“清瑶，你醒醒！我是林夜啊！” 林夜看着原始洛清瑶，心中充满了悲痛。
原始洛清瑶却不为所动，她挥动星砂长矛，朝着林夜发动攻击。林夜迅速躲避，同时试图唤醒原始洛清瑶的意识。
“林夜，小心！” 洛清瑶在一旁焦急地喊道。